O Observatório das Desigualdades é uma estrutura independente, constituída no quadro do Centro de Investigação e Estudos de Sociologia do Instituto Universitário de Lisboa (CIES-IUL), responsável pelo seu funcionamento e coordenação científica, tendo por instituições parceiras, desde a sua fase inicial, o Instituto de Sociologia da Faculdade de Letras da Universidade do Porto (ISFLUP) e o Centro de Estudos Sociais da Universidade dos Açores (CES-UA, hoje CICS.NOVA.UAc). As atividades do Observatório são realizadas por um conjunto de investigadores que colaboram, em regime de voluntariado, com a sua equipa permanente. O Observatório foca as suas atividades no tema das desigualdades sociais.